| 1603 | Megjelenik Pázmány Péter első vitairata, a „Felelet”. – A jezsuita teológus 1601-1603 között, majd 1607-től működik a Királyság területén, mint kiváló szónok és vitairatok szerzője. |
| 1604 | Az országgyűlési törvényekhez I. Rudolf király (1576-1608) által önkényesen hozzákapcsolt cikkely megtiltja a vallási kérdések országgyűlési tárgyalását, és megerősíti a katolikus vallás jogait. |
| 1606 | A nem kis részben a protestánsok vallási sérelmei miatt kitört Bocskai-felkelést lezáró bécsi béke „a katolikus vallás sérelme nélkül” vallásszabadságot biztosít a nemeseknek, a városoknak és a végvári katonáknak. |
| 1608 | A bécsi béke pontjait a II. Mátyást (1608-1619) királlyá választó pozsonyi országgyűlés cikkelyezi be, kiegészítve azt a falvak lakóinak vallásszabadságával és a protestáns felekezetek önkormányzati jogával, elhagyva ugyanakkor a katolikus záradékot (koronázás előtti cikkelyek). |
| 1611 | Forgách Ferenc esztergomi érsek nagyszombati (egyháztartományi) zsinata a Trienti Zsinat szellemében előkészíti a magyar egyház belső megújulását. |
| 1612-től | Jezsuita missziók működnek a Hódoltságban: Belgrádban (1612-1645), Pécsen (1613-1686), Temesváron (1634-1666), Gyöngyösön (1635-1683, középiskola is) és Andocson (1650-1684). |
| 1613 | Megjelenik Pázmány Péter főműve, az „Isteni igazságra vezérlő Kalauz”. |
| 1616-1637 | Pázmány Péter esztergomi érsekként és bíborosként (1629-től) egyházmegyei, tartományi és nemzeti (1630) zsinataival nagy lendületet ad a katolikus reformnak. Személyes hatásának is betudható, hogy a főúri családok nagy része katolizál. |
| 1617 | A minoriták megtelepednek a felvidéki Sztropkón. |
| 1619 | Bethlen Gábor református hajdúi Kassán kivégzik a jezsuita Pongrácz Istvánt és Grodecz Menyhértet, valamint Körösi Márk esztergomi kanonokot. A kassai vértanúk szentté avatására 1995-ben kerül sor. |
| 1622-től | A rendet kitiltó határozat ellenére a jezsuiták missziós tevékenységet folytatnak Erdélyben. |
| 1623 | Pázmány papnevelő intézetet alapít Bécsben (Pázmáneum). |
| 1626 | Bécsben megjelenik a jezsuita Káldi György által készített katolikus bibliafordítás. |
| 1635 | Pázmány Nagyszombatban egyetemet alapít. Először a bölcsészeti kar kezdi meg működését, ehhez csatlakozik 1638-ban a teológiai, 1667-ben pedig a jogi fakultás. |
| 1639 | Pálffy Mátyás főapát vezetése alatt újraindul az 1543-ban megszűnt szerzetesi élet Pannonhalmán. |
| 1642 | A piaristák iskolát nyitnak a szepességi Podolinban. |
| 1644 | Megjelenik nyomtatásban a hamisított Szilveszter-bulla, ami a főkegyúri jog egyik hivatkozási alapja lesz. |
| 1645 | I. Rákóczi György erdélyi fejedelemnek (1630-1648) a linzi békében sikerül kiterjesztetnie a vallásszabadságot a királyi Magyarország jobbágyaira is, amit az 1647. évi országgyűlés cikkelyez be. |
| 1646 | Az ortodox rutének (ruszinok) egyesülnek a római katolikus egyházzal (ungvári unió). Az egri püspök által csak rítusvikáriusnak tekintett görög katolikus püspök első székhelye a Munkács melletti Csernekhegy kolostora. |
| 1650 | Az irgalmasok megtelepednek Szepesváralján. |
| 1670 | A Wesselényi-összeesküvés leleplezése után I. Lipót király (1657-1705) elrendeli a szabad királyi városok és a királyi mezővárosok rekatolizációját. |
| 1674 | Az ún. prédikátor-perben a Szelepcsényi György prímás által elnökölt pozsonyi rendkívüli bíróság a törökökkel való összejátszás vádjával gályarabságra ítél 40 protestáns lelkészt. |
| 1674 | A kapucinusok megtelepednek a Pozsony melletti Bazinban. |
| 1676 | Pozsonyban leánynevelő intézetet nyitnak az orsolyiták. |
| 1681 | A nagyrészt vallási sérelmek miatt kitört Thököly-felkelés után a soproni országgyűlés megerősíti a bécsi béke pontjait, és „a földesurak jogának tiszteletben tartásával” szabad vallásgyakorlatot engedélyez a protestánsoknak a Királyságban (11 északnyugati vármegyében csak a becikkelyezett, ún. artikuláris helyeken, a többi 19 vármegyében a fennálló felekezeti viszonyoknak megfelelően). |
| 1686 | Buda felszabadítása a török uralom alól Boldog XI. Ince pápa jelentős támogatásával következik be. Az eseményekben jelentős szerepet játszó Avianói Márk kapucinust 2003-ban avatják boldoggá. |
| 1686 | Az Erdélybe települt örmények unióra lépnek a katolikus egyházzal. Központjuk Szamosújvár. |
| 1687 | Az országgyűlés szerint a protestánsok, mivel annak idején tiltakoztak ellene, elveszítették jogaikat az 1681. évi vallásügyi törvény „kedvezményeire”, amelyek a továbbiakban az uralkodó kegyéből maradnak fenn. Ettől kezdve a vallásügyi kérdéseket nem országgyűlési törvényekkel, hanem királyi rendeletek útján szabályozzák. |
| 1688 | A Kollonich Lipót bíboros (később esztergomi érsek) által vezetett bizottság a felszabadító háborúk utáni politikai berendezkedésről szóló tervezetében (Einrichtungswerk des Königreichs Hungars) azt javasolja, hogy a protestánsok jogait a továbbiakban nem erőszakkal, hanem közigazgatási intézkedésekkel kell korlátozni. A visszahódított területek gyors benépesítése érdekében viszont átmenetileg el kellene tűrni a magánjellegű vallásgyakorlatot. |
| 1688-tól | Működik a Neoacquistica commissio (Újszerzeményi bizottság), amely a visszafoglalt területek birtokviszonyainak kialakításával jelentősen erősíti a katolikusok pozícióit. |
| 1690 | I. Lipót befogadja az országba a törökök elől menekülő ortodox szerbeket. Kiépülő egyházszervezetük központja Karlóca lesz. |
| 1691 | A Diploma Leopoldinum biztosítja a Habsburg-uralom alá került Erdély törvényeinek megtartását, ide értve a protestánsok vallásszabadságát is. |
| 1691 | Az 1681. évi vallásügyi törvény uralkodói magyarázataként kiadott I. Explanatio Leopoldina különbséget tesz a protestánsok nyilvános és magánjellegű vallásgyakorlata között. Nyilvános vallásgyakorlat csak az artikuláris helyeken lehetséges, máshol csak a magánjellegű vallásgyakorlat tűrhető el (a királyi rendelet tehát korlátozza a pozsonyi országgyűlés által biztosított vallásszabadságot). |
| 1698 | Az erdélyi román ortodoxok egyesülnek a római katolikus egyházzal (gyulafehérvári unió). A görög katolikus püspök első székhelye Gyulafehérvár. |
